Το 13^ο Συνέδριο της ΕΕΔΥΕ  έγινε 3 & 4 Ιουλίου 1999 στο Πάντειο Πανεπιστήμιο. Μετείχαν 112 αντιπρόσωποι από 40 περιφερειακές επιτροπές ειρήνης και  103 αντιπρόσωποι από 36 επιτροπές ειρήνης της Αθήνας.

Στην εισήγησή του ο πρόεδρος της ΕΕΔΥΕ Ευάγγελος Μαχαίρας αναφέρθηκε: Στη συμβολή των προηγούμενων προέδρων της ΕΕΔΥΕ, ότι στα τελευταία 10 χρόνια  έγιναν 120 τοπικοί πόλεμοι με 25 εκ. Νεκρούς, στην ευθύνη των ΗΠΑ και στην υποβάθμιση του ΟΗΕ, στους πολέμους στη Σομαλία, στη Λιβύη, στο Σουδάν, στο Αφγανιστάν, στη Γιουγκοσλαβία, στο εμπάργκο του  Ιράκ.

Τόνισε τους βομβαρδισμούς της Γιουγκοσλαβίας και τη νέα παγκόσμια τάξη του ιμπεριαλισμού και στο 98% του ελληνικού λαού που ήταν εναντίον του πολέμου στη Γιουγκοσλαβία.

Ο γενικός γραμματέας της ΕΕΔΥΕ Θανάσης Παφίλης αναφέρθηκε στις 78 ημέρες αντίστασης του γιουγκοσλαβικού λαού, στους βομβαρδισμούς από ΝΑΤΟ, ΗΠΑ, ανέλυσε το νέο στρατηγικό δόγμα του ΝΑΤΟ και τη συμμετοχή της Ευρωπαϊκής Ένωσης  (ΕΕ). Στάθηκε στην ευθύνη της ελληνικής κυβέρνησης και του ΠΑΣΟΚ για την άδεια διέλευσης των ΝΑΤΟϊκών  στρατευμάτων από τη χώρα μας.

Εισηγήσεις έκαναν και τα μέλη της γραμματείας της ΕΕΔΥΕ:

1. “Η νέα στρατηγική του ΝΑΤΟ”, Αντώνης Αντανασιώτης
2. “Απεμπλουτισμένο ουράνιο και οικολογική καταστροφή της Γιουγκοσλαβίας”, Θανάσης  Γεράνιος
3. “Ξένες στρατιωτικές βάσεις”, Δημήτρης Καλτσώνης
4. “Οι αμερικανο-ΝΑΤΟϊκές βάσεις στην Ελλάδα”, Χρήστος Λαζαρίδης
5. “Οι μειονότητες και το κίνημα ειρήνης”, Στρατής Κουνιάς
6. “Κυπριακό-Αιγαίο-Ελληνοτουρκικές σχέσεις”, Νίκος Φωτιάδης
7. “Απολογισμός δράσης από το προηγούμενο συνέδριο”, Γρηγόρης Πετρόπουλος, εκτελεστικός γραμματέας της ΕΕΔΥΕ

Παρεμβάσεις έκαναν και οι: Ευδοκία Λειβαδά (πρ.επ. ειρήνης Κερατσινίου), Χρυσάφω Παπακωνσταντίνου (πρ. επ. ειρήνης Περιστερίου), Βαγγέλης Λουκόπουλος (επ.ειρήνης Πλάκας), Ηλίας Πουλάκης (επ. ειρήνης Δάφνης),  Χρήστος Μαλίρης (Πρόεδρος κοινότητας Κερασίτσας), Άγγελος Ρουμπής (τ. εφέτης), . Μπάμπης Παπαδόπουλος (συνοδοιπόρος του Γρ. Λαμπράκη το 1963), Κώστας Μακέδος (επ.ειρήνης Καβάλας), Όλγα Περπερίδου (επ.ειρήνης Πάτρας), Έλ. Τσανακαλιώτη-Ριγανά (επ. Ειρήνης Πάτρας), Μπάμπης Ψιλόπουλος (επ. Ειρήνης Θεσσαλονίκης- ΕΔΥΕΘ), Μαρία Πλουμίδου (Αρχάνες Κρήτης), Ηλίας Βελισσαρίδης (αντιπρόεδρος ΠΕΔΥΕ, πρ. επ. ειρήνης Νέας Σμύρνης), Μαρία Σεβαστάκη (επ. ειρήνης Σάμου), Παν. Κολοκοτρώνης (επ. ειρήνης Περιστερίου).

Έγιναν παρεμβάσεις και από εκπροσώπους των επιτροπών ειρήνης, Βύρωνα, Άνω Λιοσίων, Ιωαννίνων, Κεφαλονιάς-Ιθάκης, Χανίων.

Χαιρετισμό έκανε ο Σπύρος Χαλβατζής, μέλος του πολιτικού γραφείου του ΚΚΕ και έστειλε χαιρετισμό το Παγκόσμιο Συμβούλιο Ειρήνης (ΠΣΕ).

Εκλέχτηκε νέο εθνικό Συμβούλιο της ΕΕΔΥΕ αποτελούμενο από 145 μέλη και νέα γραμματεία. Η νέα 17/μελής γραμματεία  της ΕΕΔΥΕ είναι:

Πρόεδρος: Ευάγγελος Μαχαίρας,

Αντιπρόεδροι: Σ. Κουνιάς, Π. Μακρής, Μ. Πρίφτη, Ν. Φωτιάδης.

Γεν. Γραμματέας: Θανάσης Παφίλης.

Ταμίας: Δανάη Μωραΐτου.

Μέλη:

Α. Αντανασιώτης,
Θ. Γεράνιος,
Δ. Καλτσώνης,
Κ. Κορτζίδης,
Χρ. Λαζαρίδης,
Ελ. Μαρούκα,
Βέρα Νικολαΐδου,
Στάθης Παπακωνσταντίνου,
Αγάπιος Παπανεοφύτου,
Αθ. Τζιώκα